爬行类动物分布也是十分广泛的，四姑娘山地区平均海拔高达4500米，区内海拔低至2700～3400的地域占四姑娘山地区面积的十分之一还不到，主要是四姑娘山的居民区，这个区域的特点生境鲜明，因此四姑娘山的爬行动物主要就分布在这个区域。

       这次野外普查发现11种爬行动物在四姑娘山的活动踪迹，它们是：灰裸趾虎、西藏裸趾虎、西藏岩蜥、拉萨岩蜥、红原沙蜥、旱地沙蜥、西藏沙蜥、山滑蜥、康定滑蜥、高原蝮、山烙铁头蛇。其中灰裸趾虎、西藏裸趾虎主要分布在2900米以下的居民房屋或周围的岩石地带；西藏岩蜥、拉萨岩蜥、红原沙蜥、旱地沙蜥、西藏沙蜥主要分布在海拔3300米以下的阳坡裸岩、沙地、砂砾或干旱草灌丛；高原蝮、山烙铁头蛇分布在3400米以下的阳坡阴谷的阔叶林、草丛、灌丛和居民房屋周围，蛇类估计还有跟多的物种，需要跟多时间的监测和调查；而山滑蜥、康定滑蜥则在四姑娘山分布打破海拔的分布上限，属于海拔分布最高的爬行动物类群，4500米以下的草甸砾石地带都有他们的身影。